Şanlıurfa’nın simgesi olan Balıklıgöl yakınlarında 200 dönümlük alanda kurulan ve 2015 yılında ziyarete açılan Haleplibahçe Müze Kompleksi de sel felaketinden etkilendi. Yaklaşık 10 bin yapıtın sergilendiği 34 bin metrekare kapalı alana sahip Arkeoloji Müzesi ve Haleplibahçe Mozaik Müzesi’nin bodrum katı selden etkilendi. Sel suları bodrumun yanı sıra savaşçı amazon bayanları, truva savaşının kahramanı Aşil’in hayat öyküsünün tek panoda oluşturulmuş mozaiği, yurt dışından getirilen Orpheus ve Cenaze Şöleni mozaiği üzere yapıtların yer aldığı ve tabanında kentteki kazılardan çıkarılan mozaiklerin sergilendiği Haleplibahçe Mozaik Müzesinin taban katında da tesirli oldu. Sel felaketinde; Haleplibahçe kazılarında bulunan Roma periyoduna ilişkin mozaikler suya gömüldü. Grupların müdahalesiyle müzenin bodrum ve mozaikleri kaplayan taban kattaki sel suları tahliye edildi. Suyun tahliye edilmesinin akabinde rastgele bir hasar oluşmayan mozaiklerin üzerinde kalan çamurların ise restoratör takımlar tarafından titiz halde temizleneceği belirtildi.
Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü de sel felaketinde müzelerde kısmi etkilenme meydana geldiğini ve suyun tahliye edilerek paklık çalışmasına başlanacağını bildirdi. Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü ayrıyeten kentte bulunan; Göbeklitepe, Karahantepe, Sefertepe, Sayburç, Çakmaktepe, Harran Örenyeri, Şanlıurfa Kalesi, Soğmatar üzere arkeolojik alanlarda bir sorun bulunmadığını belirtti.